Институт был основан в 1970 году по приказу Министерства сельского хозяйства СССР. Он стал филиалом (отделением) Центрального института агрохимического обслуживания сельского хозяйства и охватывал территории четырёх областей и пяти автономных республик Волго-Вятского района и Среднего Поволжья.
В 1982 году институт преобразовался в Казанский филиал Всероссийского научно-исследовательского и проектно-технологического института химизации сельского хозяйства. В 1985 году стал Волго-Вятским, а не Казанским филиалом. В 1997 году была создана научно-исследовательская станция «Плодородие». В 2000 году учреждение получило своё современное название. Сейчас институт относится к Казанскому центру Российской академии наук.
Направления работы института:
Разработка удобрений для бережного использования почвы;
Оценка плодородия почвы, её экологического состояния;
Применение удобрений;
Развитие способов применения агроминералов (минералов, полезных для сельского хозяйства);
Изучение действия агроминералов в лабораториях;
Разработка новых способов получения экологически чистых продуктов;
Составление прогноза о состоянии почвы после применения химикатов;
Теоретические исследования и создание новых полезных формул;
Создание и изучение нанотехнологий (составов из мельчайших частиц) для сельского хозяйства;
Очищение и повторное использование земли, загрязнённой нефтепродуктами;
Изучение микроорганизмов, обитающих в почве, и создание удобрений из них;
Восстановление плодородия почвы;
Разработка, изучение и оценка минералов, чьи частицы имеют микроскопический размер;
Изучение влияния таких минералов на живые организмы.
Институт проделывает огромный объём работы. Например, с 2014 по 2019 год было открыто 29 новых приёмов, способов и технологий, а также 3 методики; выпущено 18 научных работ, напечатано 445 статей, сделано более 30 изобретений, подтверждённых документами.
На всероссийской выставке «Золотая осень» новшества института получили 25 золотых, 18 серебряных и 8 бронзовых медалей. Сотрудники награждены Государственной премии Татарстана в области науки и техники.